聖地牙哥是西班牙安達魯西亞的一位年輕牧羊人。他原本在神學院讀書，父母希望他成為神父，但他更想看看世界，於是成了牧羊人，帶著羊群四處遊走。

有一晚，他睡在一座廢棄教堂裡的無花果樹下，第二次夢見同一個夢：一個孩子帶著他來到埃及的金字塔，告訴他那裡藏著寶藏。他去找一位吉普賽老婦人解夢，老婦人說，他應該去金字塔尋找寶藏，並要他事後分她十分之一。

聖地牙哥半信半疑。他在牧羊的生活裡過得很安穩，也喜歡上一位商人的女兒，不確定自己是否要為了一個夢放下一切。

他常在羊群身上看見人生的樣貌：羊只在乎食物與水，日復一日地跟著牧人走，從不思考自己要去哪裡。他開始問自己，是否也正在過著這樣的生活。

在小鎮的廣場上，聖地牙哥遇見一位自稱撒冷之王的老人麥基洗德。老人說出了他內心的祕密，並告訴他一個重要的觀念：天命，也就是每個人一生中真正想完成的事。

老人說，每個人年輕時都知道自己的天命，但隨著時間過去，一股神祕的力量會讓人相信自己不可能完成它。他也告訴聖地牙哥：當你真心渴望某樣東西時，整個宇宙都會聯合起來幫助你完成。

老人送給他兩顆石頭：一黑一白，名叫烏陵與土明，可以在他無法判斷時給他指引。為此，聖地牙哥付出了十分之一的羊作為代價。他賣掉其餘的羊，搭船前往非洲。

老人還說了一個故事：一位少年去向世上最有智慧的人求教幸福的祕密。智者要他拿著一支裝了兩滴油的湯匙，在宮殿裡逛一圈，不能讓油灑出來。少年專心盯著湯匙，回來時油還在，卻什麼美景都沒看見；第二次他盡情欣賞宮殿，回來時油卻灑光了。智者說：幸福的祕密，就是欣賞世上所有的美好，同時永遠不要忘記湯匙裡的那兩滴油。

一抵達非洲的丹吉爾，聖地牙哥就被一個自稱能帶路的年輕人騙光了所有的錢。他身無分文，在陌生的城市裡哭泣，覺得自己愚蠢至極。

但他沒有放棄。他在一家冷清的水晶店找到工作。店主是一位虔誠的穆斯林，一生的夢想是去麥加朝聖，卻始終沒有出發，因為他害怕夢想實現之後，就沒有活下去的理由了。

聖地牙哥提出許多新點子，例如在店門口賣茶，讓生意越來越好。一年後，他存夠了錢，可以回西班牙買下更多羊。他一度猶豫，最後還是決定，繼續朝金字塔前進。

水晶店老闆常說一句阿拉伯語「馬克圖布」，意思是「一切都已寫好」。老人也曾提醒聖地牙哥，追尋夢想時，一開始常會出現「新手的好運」，那是世界在鼓勵你出發；之後才會迎來真正的考驗。

聖地牙哥加入了一支橫越撒哈拉沙漠的商隊。他在商隊中認識了一位英國人，他讀了大量的書，想找到傳說中能把鉛變成金子的煉金術士。英國人從書本中學習，聖地牙哥則從沙漠、駱駝與風中學習。

他漸漸學會觀察徵兆，聆聽一種世界共通的語言。他說，世間萬物都寫在同一隻手上，只要用心觀察，就能讀懂世界想告訴你的事。

旅途中，他學會了耐心：沙漠不會因為人急就變短，只能一步一步地走。商隊經歷了部落戰爭的威脅，最後抵達一座綠洲。

英國人後來也在綠洲找到了煉金術士，並開始用自己的方式實驗。故事暗示，每個人追尋天命的路徑都不一樣：有人從書本出發，有人從經驗出發，重要的是踏上旅程。

在綠洲裡，聖地牙哥遇見了一位美麗的女孩法蒂瑪，兩人一見鍾情，聖地牙哥第一次感受到真正的愛。他一度想要放棄旅程，留在綠洲和她一起生活。但法蒂瑪告訴他：她是沙漠的女人，會等待男人出發；真正的愛，不會阻止一個人追尋天命。

在綠洲，聖地牙哥看見兩隻老鷹在空中搏鬥，從中讀出綠洲即將遭到攻擊的徵兆。他向部落首領提出警告，綠洲因此免於災難，他也因此被看見。

這時，他終於遇見了真正的煉金術士。煉金術士決定帶他穿越沙漠，前往金字塔。

他答應法蒂瑪，找到寶藏後一定會回來。

煉金術士教導聖地牙哥：要聆聽自己的心，因為心會說出寶藏在哪裡；害怕受苦，比受苦本身更糟。他也說，煉金術的真正意義，不只是把鉛變成金，而是讓每個人變得更好：當我們努力變得更好，周遭的一切也會跟著變好。

途中，兩人被一支軍隊捉住。煉金術士宣稱聖地牙哥是一位能把自己變成風的煉金術士，並給他三天時間證明。聖地牙哥在絕境中，和沙漠、風與太陽對話，最後與「萬物之心」相通，真的掀起一陣狂風，讓眾人震驚而放了他們。

之後，煉金術士在一座修道院裡把鉛變成了金子，送給聖地牙哥，然後與他分別，讓他獨自走完最後一段路。

聖地牙哥終於抵達金字塔，開始在沙地裡挖掘。這時，一群盜匪搶走了他的金子，把他打得半死。其中一個盜匪嘲笑他說：自己也曾經夢見，在西班牙一座廢棄教堂的無花果樹下藏著寶藏，但他才不會傻到為了一個夢跑那麼遠。

聖地牙哥聽了之後笑了。他終於明白，寶藏就在他出發的地方。他回到那座廢棄的教堂，在無花果樹下挖出了一箱寶藏，也準備把十分之一分給吉普賽婦人，並回到法蒂瑪身邊。

這個故事告訴讀者，寶藏一直都在原處，但只有走過這段旅程，才能找到它。真正的收穫，是旅程中學會的勇氣、愛與對世界的理解。科爾賀用一個簡單的寓言，鼓勵每個讀者去聆聽內心的聲音，勇敢追尋自己的天命。