故事從 1900 年開始。八國聯軍攻入北京，城中大亂。富商姚思安帶著全家逃難，十歲的女兒姚木蘭在混亂中走失，被人販子拐走。幸好她被同鄉的曾家救下，平安回到父母身邊。木蘭和曾家從此結下深厚的情誼。

小說以北京的三個家族為主軸：

• 姚家：家長姚思安是一位信奉道家思想的富商，看淡名利、通達自在，後來甚至捨棄家業雲遊四方
• 曾家：家長是一位遵循儒家禮教的官員，家風嚴謹傳統
• 牛家：家長是一位貪婪弄權的官員，家中一心追逐權勢與財富

三個家族透過婚姻緊密相連，命運也彼此交纏。姚家的開明、曾家的保守與牛家的貪婪，正好代表了那個時代中國社會的三種面貌。

透過這三個家族近四十年的起落，小說寫出了從清末、民國初年、軍閥混戰，到抗日戰爭爆發的時代變遷。

木蘭是林語堂心目中的理想女性。她受父親道家思想的影響，熱愛自由，沒有纏足，會學男孩子吹口哨、放風箏；她讀詩書、懂古玩、會唱京戲，也接受新式教育，同時懂得持家、照顧人。林語堂的女兒曾經轉述父親的話：如果他是女人，一定要做木蘭。

木蘭的妹妹莫愁則是另一種典型：穩重、務實、溫柔，不求出眾，卻能把家照顧得妥妥當當。

木蘭依照兩家的情誼，嫁給了曾家的三兒子蓀亞。蓀亞個性隨和、愛玩，不是她心中最理想的伴侶；她真正欣賞的，是才華洋溢、正直敢言的青年孔立夫。但立夫最後娶了莫愁。木蘭把這份感情深藏在心裡，選擇接受命運，用心經營自己的婚姻與家庭。

第二部描寫幾個家族在新舊時代交替之間的種種悲劇。

曾家大兒子病重，家人為了「沖喜」，讓他和未婚妻孫曼娘提前成婚。成婚不久，丈夫便去世了，曼娘從此守寡一生。她溫柔、恪守禮教，是舊時代女性命運的縮影。

牛家的女兒素雲嫁進曾家，卻驕縱勢利，後來甚至捲入走私等不法的勾當，和曾家格格不入。木蘭的哥哥體仁則是個不學好的紈褲子弟，最後在意外中喪命。表妹紅玉才貌出眾，卻多愁善感、身體孱弱，她愛著木蘭的弟弟阿非，卻因為一次誤會加上自卑，投水自盡，這段情節明顯帶有《紅樓夢》中林黛玉的影子。

阿非後來娶了溫柔聰慧的寶芬，兩人的結合為姚家帶來了新的希望。莫愁和立夫的婚姻則平淡而踏實，莫愁默默支持丈夫的理想，也在他遭遇危險時穩住整個家。

這一部也寫到時局的動盪：辛亥革命、軍閥割據，以及學生運動。立夫因為寫文章批評時政，被軍閥逮捕入獄，木蘭四處奔走營救，不顧自身安危地想盡辦法，最後終於讓立夫平安獲釋。在一次學生示威中，木蘭的女兒不幸遇難，讓她承受了白髮人送黑髮人的喪女之痛。

中年之後，木蘭和蓀亞離開北京，搬到杭州，過著簡樸、親近自然的生活，木蘭甚至親自下廚、做家事，享受平凡日子的樂趣。蓀亞一度和一位女學生發生感情，木蘭沒有哭鬧爭吵，而是冷靜地反省、從容地處理，最後讓丈夫回到家庭。這一段展現了木蘭的智慧，但也有讀者認為，她一度表示能接受丈夫納妾，反映出書中對傳統男權社會的反省仍然有限。

1937 年，抗日戰爭全面爆發。日軍進入北京後，守寡多年的曼娘在家中受到日軍侵擾，含恨自盡。曾經走上歧路的素雲，最後拒絕和日本人合作，因此被殺。

小說的最後，木蘭一家加入了逃難的人潮，隨著成千上萬的難民向內陸遷移。她看著身邊不分貧富、扶老攜幼的同胞，以及奔赴前線的年輕士兵，心中感到中國人民的韌性與希望。途中，她收養了失去父母的孤兒，像一位母親一樣照顧他們。她把自己交給這股巨大的洪流，也在其中找到了平靜。

這一部也寫到木蘭的兒子投身抗戰，以及許多年輕人放下個人的悲喜，加入保家衛國的行列。曾經在庭園中吟詩品茶的世家子弟，如今和農民、士兵走在同一條路上。林語堂藉此表達：一個民族真正的力量，不在於少數人的榮華，而在於千千萬萬平凡人堅韌的生命力。

全書貫穿著林語堂推崇的道家思想。姚思安是這種思想的代表：他看透富貴無常，教女兒順其自然、不執著於得失。在家業交給後輩之後，他毅然離家，像一位道士一樣雲遊四方，多年後才回到家中，平靜地面對生命的終點。他相信生死就像季節的更替，是大自然的一部分。木蘭雖然經歷了初戀未果、婚姻波折、喪女之痛和戰亂流離，卻始終能以從容的態度面對變化。

與之對照的是曾家的儒家家長：他重視禮法、秩序與責任，雖然正直，卻也背負著許多規矩的重擔。兩種人生態度在書中並存，讓讀者看見中國傳統思想的不同面向。

書名中的「煙雲」，正象徵著人生與時代的變幻無常：家族的榮華、個人的悲喜，都像北京城上空的煙雲一樣聚散不定。但在這變幻之中，人依然可以保有內心的安定。

林語堂用英文寫這部小說，原本是想把《紅樓夢》翻譯成英文，後來決定自己創作一部以近代中國為背景的長篇小說，向西方讀者展現中國人的生活、家庭與價值觀。書中對北京的四合院、庭園、節慶、飲食、婚喪禮俗與古玩，都有細膩的描寫。

小說在美國出版後相當暢銷，讓許多西方讀者第一次透過小說認識中國人的日常生活與抗戰中的苦難。它後來被翻譯成中文，並多次改編成電視劇，成為林語堂最具代表性的小說作品，也是許多華人讀者心中的經典。