圣地牙哥是西班牙安达鲁西亚的一位年轻牧羊人。他原本在神学院读书，父母希望他成为神父，但他更想看看世界，于是成了牧羊人，带著羊群四处游走。

有一晚，他睡在一座废弃教堂里的无花果树下，第二次梦见同一个梦：一个孩子带著他来到埃及的金字塔，告诉他那里藏著宝藏。他去找一位吉普赛老妇人解梦，老妇人说，他应该去金字塔寻找宝藏，并要他事后分她十分之一。

圣地牙哥半信半疑。他在牧羊的生活里过得很安稳，也喜欢上一位商人的女儿，不确定自己是否要为了一个梦放下一切。

他常在羊群身上看见人生的样貌：羊只在乎食物与水，日复一日地跟著牧人走，从不思考自己要去哪里。他开始问自己，是否也正在过著这样的生活。

在小镇的广场上，圣地牙哥遇见一位自称撒冷之王的老人麦基洗德。老人说出了他内心的秘密，并告诉他一个重要的观念：天命，也就是每个人一生中真正想完成的事。

老人说，每个人年轻时都知道自己的天命，但随著时间过去，一股神秘的力量会让人相信自己不可能完成它。他也告诉圣地牙哥：当你真心渴望某样东西时，整个宇宙都会联合起来帮助你完成。

老人送给他两颗石头：一黑一白，名叫乌陵与土明，可以在他无法判断时给他指引。为此，圣地牙哥付出了十分之一的羊作为代价。他卖掉其余的羊，搭船前往非洲。

老人还说了一个故事：一位少年去向世上最有智慧的人求教幸福的秘密。智者要他拿著一支装了两滴油的汤匙，在宫殿里逛一圈，不能让油洒出来。少年专心盯著汤匙，回来时油还在，却什么美景都没看见；第二次他尽情欣赏宫殿，回来时油却洒光了。智者说：幸福的秘密，就是欣赏世上所有的美好，同时永远不要忘记汤匙里的那两滴油。

一抵达非洲的丹吉尔，圣地牙哥就被一个自称能带路的年轻人骗光了所有的钱。他身无分文，在陌生的城市里哭泣，觉得自己愚蠢至极。

但他没有放弃。他在一家冷清的水晶店找到工作。店主是一位虔诚的穆斯林，一生的梦想是去麦加朝圣，却始终没有出发，因为他害怕梦想实现之后，就没有活下去的理由了。

圣地牙哥提出许多新点子，例如在店门口卖茶，让生意越来越好。一年后，他存够了钱，可以回西班牙买下更多羊。他一度犹豫，最后还是决定，继续朝金字塔前进。

水晶店老板常说一句阿拉伯语「马克图布」，意思是「一切都已写好」。老人也曾提醒圣地牙哥，追寻梦想时，一开始常会出现「新手的好运」，那是世界在鼓励你出发；之后才会迎来真正的考验。

圣地牙哥加入了一支横越撒哈拉沙漠的商队。他在商队中认识了一位英国人，他读了大量的书，想找到传说中能把铅变成金子的炼金术士。英国人从书本中学习，圣地牙哥则从沙漠、骆驼与风中学习。

他渐渐学会观察征兆，聆听一种世界共通的语言。他说，世间万物都写在同一只手上，只要用心观察，就能读懂世界想告诉你的事。

旅途中，他学会了耐心：沙漠不会因为人急就变短，只能一步一步地走。商队经历了部落战争的威胁，最后抵达一座绿洲。

英国人后来也在绿洲找到了炼金术士，并开始用自己的方式实验。故事暗示，每个人追寻天命的路径都不一样：有人从书本出发，有人从经验出发，重要的是踏上旅程。

在绿洲里，圣地牙哥遇见了一位美丽的女孩法蒂玛，两人一见钟情，圣地牙哥第一次感受到真正的爱。他一度想要放弃旅程，留在绿洲和她一起生活。但法蒂玛告诉他：她是沙漠的女人，会等待男人出发；真正的爱，不会阻止一个人追寻天命。

在绿洲，圣地牙哥看见两只老鹰在空中搏斗，从中读出绿洲即将遭到攻击的征兆。他向部落首领提出警告，绿洲因此免于灾难，他也因此被看见。

这时，他终于遇见了真正的炼金术士。炼金术士决定带他穿越沙漠，前往金字塔。

他答应法蒂玛，找到宝藏后一定会回来。

炼金术士教导圣地牙哥：要聆听自己的心，因为心会说出宝藏在哪里；害怕受苦，比受苦本身更糟。他也说，炼金术的真正意义，不只是把铅变成金，而是让每个人变得更好：当我们努力变得更好，周遭的一切也会跟著变好。

途中，两人被一支军队捉住。炼金术士宣称圣地牙哥是一位能把自己变成风的炼金术士，并给他三天时间证明。圣地牙哥在绝境中，和沙漠、风与太阳对话，最后与「万物之心」相通，真的掀起一阵狂风，让众人震惊而放了他们。

之后，炼金术士在一座修道院里把铅变成了金子，送给圣地牙哥，然后与他分别，让他独自走完最后一段路。

圣地牙哥终于抵达金字塔，开始在沙地里挖掘。这时，一群盗匪抢走了他的金子，把他打得半死。其中一个盗匪嘲笑他说：自己也曾经梦见，在西班牙一座废弃教堂的无花果树下藏著宝藏，但他才不会傻到为了一个梦跑那么远。

圣地牙哥听了之后笑了。他终于明白，宝藏就在他出发的地方。他回到那座废弃的教堂，在无花果树下挖出了一箱宝藏，也准备把十分之一分给吉普赛妇人，并回到法蒂玛身边。

这个故事告诉读者，宝藏一直都在原处，但只有走过这段旅程，才能找到它。真正的收获，是旅程中学会的勇气、爱与对世界的理解。科尔贺用一个简单的寓言，鼓励每个读者去聆听内心的声音，勇敢追寻自己的天命。