小说以一则神话开场：女娲补天时炼了三万六千五百零一块石头，只有一块没被用上，被弃置在青埂峰下。这块石头有了灵性，因为不能补天而自怨自叹。后来，一僧一道带它到人间经历一番，这就是故事的主角贾宝玉，出生时口中衔著一块通灵宝玉。

书中另有一段前世因缘：赤霞宫的神瑛侍者，每天用甘露灌溉灵河岸边的一株绛珠仙草。仙草修成女身后，发愿下凡，用一生的眼泪来偿还他的灌溉之恩。她就是林黛玉。这段「还泪」的宿命，为宝黛的爱情定下了悲剧的基调。

开头还有甄士隐和贾雨村两个人物，名字谐音「真事隐」与「假语存」，暗示这部小说是把真实的往事隐去，用虚构的故事保存下来。书中太虚幻境的对联也说：「假作真时真亦假，无为有处有还无。」

故事的主要舞台是京城的贾府，分为宁国府和荣国府。贾家与史、王、薛三家，合称「四大家族」，彼此联姻，荣辱与共。

母亲过世后，年幼的林黛玉来到外祖母贾母家中寄居。她聪慧敏感、才华洋溢，却体弱多病、心思细腻，常因寄人篱下而暗自伤心。她和表哥贾宝玉一见如故，仿佛前世曾经相识。不久，另一位表姊薛宝钗也随母亲住进贾府。宝钗端庄稳重、博学多才、待人周到，深得长辈喜爱。

宝玉的姊姊元春入宫成为贵妃，贾府为了迎接她回家省亲，大兴土木，建造了富丽堂皇的大观园。省亲之后，元妃让宝玉和众姊妹搬进园中居住。大观园成了一个与外界隔绝的青春乐园：姊妹们在这里吟诗结社、赏花饮酒，过著诗意的生活。她们成立了海棠诗社，以花为题比赛作诗；豪爽的史湘云醉卧在芍药花丛中，成为书中最动人的画面之一。

贾宝玉是全家的宝贝，却厌恶读书应考、追求功名，把那些热衷仕途的人称为「禄蠹」。他说：女儿是水做的骨肉，男人是泥做的骨肉，我见了女儿便清爽，见了男子便觉浊臭逼人。他真心尊重、怜惜身边的女孩子，包括丫鬟。他的父亲贾政对这个不求上进的儿子极为不满，有一次听信谗言，把宝玉打得皮开肉绽，黛玉哭肿了双眼前来探望，宝钗也送来了伤药，两人不同的关心方式，正映照出她们不同的个性。

宝玉和黛玉心意相通，黛玉是唯一从不劝他读书做官的人。但两人性格都敏感，常常因为小事互相试探、闹别扭，又很快和好。黛玉葬花时吟出的〈葬花吟〉：「侬今葬花人笑痴，他年葬侬知是谁」，道尽了她对自身命运的哀伤。

宝钗则戴著一把金锁，上面刻的字正好和宝玉的通灵宝玉相配，被称为「金玉良缘」；而宝黛之间则是前世的「木石前盟」。在长辈眼中，懂事圆融的宝钗，才是宝二奶奶最合适的人选。

宝玉有一次在宁国府午睡，梦游太虚幻境，看见了「薄命司」里的册子，上面用判词和图画，预言了金陵十二位女子的命运，包括黛玉、宝钗、元春、探春、史湘云、妙玉、迎春、惜春、王熙凤、巧姐、李纨和秦可卿。他还听了〈红楼梦〉十二支曲。但宝玉当时看不懂这些预言，只觉得茫然。

这些判词像一张命运的地图，预示了书中女子们大多不幸的结局：有人早逝，有人远嫁，有人出家，有人在家族败落后流离失所。这也是读者解读后四十回是否忠于原意的重要依据。

贾府表面上繁华热闹，内里却早已入不敷出。管家的王熙凤精明能干、八面玲珑，却也心狠手辣，私下放高利贷、弄权谋利。秦可卿死后的盛大丧礼、元妃省亲的铺张，都在掏空这个家族。书中透过乡下老妇刘姥姥三次进荣国府，从局外人的眼中，看见了贾府的奢华与后来的落魄。

后来大观园中发生「抄检大观园」，象征这个青春乐园开始崩坏。丫鬟晴雯因为生得美、个性刚烈，被冤枉赶出大观园，病中含冤而死；宝玉为她写下〈芙蓉女儿诔〉。姊妹们也一个个离开：迎春误嫁暴虐的丈夫，探春远嫁他乡。

在通行的一百二十回本中，宝玉丢失了通灵宝玉，变得神智不清。贾母和王夫人等人决定让宝玉娶宝钗「冲喜」，并用「掉包计」瞒著他，让他以为自己要娶的是黛玉。

黛玉得知消息后，病情急剧恶化。她焚烧了自己的诗稿和宝玉送她的手帕，在宝玉和宝钗成亲的同一天，含恨而终。宝玉知道真相后悲痛欲绝，曾到潇湘馆痛哭，却再也见不到那个人了。

之后，贾府被抄家，家族急速衰落，昔日的繁华一去不返。宝玉虽然遵从家人的期望去参加科举并且中举，却在考场之后失踪，最后随一僧一道出家而去，正呼应了开头顽石下凡历劫的神话。小说的结局，正如〈红楼梦〉曲中所写：「好一似食尽鸟投林，落了片白茫茫大地真干净。」

《红楼梦》以一个大家族的兴衰为背景，描写了上至皇妃、下至丫鬟仆人的数百个人物，每一个都有鲜明的个性与语言。书中的饮食、服饰、建筑、园林、医药、诗词与节庆，呈现了清代贵族生活的全貌，被称为一部「百科全书」。

它的核心主题，是真与假、有与无、繁华与幻灭：荣华富贵终将散去，青春与爱情也无法永远留住，人生如同一场大梦。书中融合了佛家与道家的思想，也透过宝玉对女性的尊重，对当时的礼教与功名提出质疑。

由于前八十回与后四十回的落差，加上书中大量的隐喻与伏笔，两百多年来吸引无数学者研究，形成了专门的「红学」。它至今仍被改编成电视剧、电影、戏曲与舞台剧，是中文世界影响最深远的小说之一。