故事从 1900 年开始。八国联军攻入北京，城中大乱。富商姚思安带著全家逃难，十岁的女儿姚木兰在混乱中走失，被人贩子拐走。幸好她被同乡的曾家救下，平安回到父母身边。木兰和曾家从此结下深厚的情谊。

小说以北京的三个家族为主轴：

• 姚家：家长姚思安是一位信奉道家思想的富商，看淡名利、通达自在，后来甚至舍弃家业云游四方
• 曾家：家长是一位遵循儒家礼教的官员，家风严谨传统
• 牛家：家长是一位贪婪弄权的官员，家中一心追逐权势与财富

三个家族透过婚姻紧密相连，命运也彼此交缠。姚家的开明、曾家的保守与牛家的贪婪，正好代表了那个时代中国社会的三种面貌。

透过这三个家族近四十年的起落，小说写出了从清末、民国初年、军阀混战，到抗日战争爆发的时代变迁。

木兰是林语堂心目中的理想女性。她受父亲道家思想的影响，热爱自由，没有缠足，会学男孩子吹口哨、放风筝；她读诗书、懂古玩、会唱京戏，也接受新式教育，同时懂得持家、照顾人。林语堂的女儿曾经转述父亲的话：如果他是女人，一定要做木兰。

木兰的妹妹莫愁则是另一种典型：稳重、务实、温柔，不求出众，却能把家照顾得妥妥当当。

木兰依照两家的情谊，嫁给了曾家的三儿子荪亚。荪亚个性随和、爱玩，不是她心中最理想的伴侣；她真正欣赏的，是才华洋溢、正直敢言的青年孔立夫。但立夫最后娶了莫愁。木兰把这份感情深藏在心里，选择接受命运，用心经营自己的婚姻与家庭。

第二部描写几个家族在新旧时代交替之间的种种悲剧。

曾家大儿子病重，家人为了「冲喜」，让他和未婚妻孙曼娘提前成婚。成婚不久，丈夫便去世了，曼娘从此守寡一生。她温柔、恪守礼教，是旧时代女性命运的缩影。

牛家的女儿素云嫁进曾家，却骄纵势利，后来甚至卷入走私等不法的勾当，和曾家格格不入。木兰的哥哥体仁则是个不学好的纨裤子弟，最后在意外中丧命。表妹红玉才貌出众，却多愁善感、身体孱弱，她爱著木兰的弟弟阿非，却因为一次误会加上自卑，投水自尽，这段情节明显带有《红楼梦》中林黛玉的影子。

阿非后来娶了温柔聪慧的宝芬，两人的结合为姚家带来了新的希望。莫愁和立夫的婚姻则平淡而踏实，莫愁默默支持丈夫的理想，也在他遭遇危险时稳住整个家。

这一部也写到时局的动荡：辛亥革命、军阀割据，以及学生运动。立夫因为写文章批评时政，被军阀逮捕入狱，木兰四处奔走营救，不顾自身安危地想尽办法，最后终于让立夫平安获释。在一次学生示威中，木兰的女儿不幸遇难，让她承受了白发人送黑发人的丧女之痛。

中年之后，木兰和荪亚离开北京，搬到杭州，过著简朴、亲近自然的生活，木兰甚至亲自下厨、做家事，享受平凡日子的乐趣。荪亚一度和一位女学生发生感情，木兰没有哭闹争吵，而是冷静地反省、从容地处理，最后让丈夫回到家庭。这一段展现了木兰的智慧，但也有读者认为，她一度表示能接受丈夫纳妾，反映出书中对传统男权社会的反省仍然有限。

1937 年，抗日战争全面爆发。日军进入北京后，守寡多年的曼娘在家中受到日军侵扰，含恨自尽。曾经走上歧路的素云，最后拒绝和日本人合作，因此被杀。

小说的最后，木兰一家加入了逃难的人潮，随著成千上万的难民向内陆迁移。她看著身边不分贫富、扶老携幼的同胞，以及奔赴前线的年轻士兵，心中感到中国人民的韧性与希望。途中，她收养了失去父母的孤儿，像一位母亲一样照顾他们。她把自己交给这股巨大的洪流，也在其中找到了平静。

这一部也写到木兰的儿子投身抗战，以及许多年轻人放下个人的悲喜，加入保家卫国的行列。曾经在庭园中吟诗品茶的世家子弟，如今和农民、士兵走在同一条路上。林语堂借此表达：一个民族真正的力量，不在于少数人的荣华，而在于千千万万平凡人坚韧的生命力。

全书贯穿著林语堂推崇的道家思想。姚思安是这种思想的代表：他看透富贵无常，教女儿顺其自然、不执著于得失。在家业交给后辈之后，他毅然离家，像一位道士一样云游四方，多年后才回到家中，平静地面对生命的终点。他相信生死就像季节的更替，是大自然的一部分。木兰虽然经历了初恋未果、婚姻波折、丧女之痛和战乱流离，却始终能以从容的态度面对变化。

与之对照的是曾家的儒家家长：他重视礼法、秩序与责任，虽然正直，却也背负著许多规矩的重担。两种人生态度在书中并存，让读者看见中国传统思想的不同面向。

书名中的「烟云」，正象征著人生与时代的变幻无常：家族的荣华、个人的悲喜，都像北京城上空的烟云一样聚散不定。但在这变幻之中，人依然可以保有内心的安定。

林语堂用英文写这部小说，原本是想把《红楼梦》翻译成英文，后来决定自己创作一部以近代中国为背景的长篇小说，向西方读者展现中国人的生活、家庭与价值观。书中对北京的四合院、庭园、节庆、饮食、婚丧礼俗与古玩，都有细腻的描写。

小说在美国出版后相当畅销，让许多西方读者第一次透过小说认识中国人的日常生活与抗战中的苦难。它后来被翻译成中文，并多次改编成电视剧，成为林语堂最具代表性的小说作品，也是许多华人读者心中的经典。